为了加快构建江西飞行学院办学架构体系，加强涉航学科专业建设，学校于2019年4月28日成立了飞行技术学院，2020年12月24日学校新增航空工程学院并暂与飞行技术学院合署办公。根据学校发展需求，2025年3月，飞行技术学院（航空工程学院）正式拆分为飞行技术学院和航空机电工程学院。

飞行技术学院（以下简称学院）2019年获批2个专科专业：民航安全技术管理、无人机应用技术；学院2024年获批3个本科专业：飞行技术、无人驾驶航空器系统工程、飞行器适航技术；学院2025年正式申报2个本科专业：智能飞行器技术，应用气象学;学院2026年预申报2个本科专业：飞行器控制与信息工程、气象技术与工程。